Ce développement a été rendu possible par les nombreux barrages et canaux d’irrigation installés le long de son lit. Pourtant, cette irrigation artificielle apporte de nombreux sédiments sur les terres, ce qui les appauvrit. Cela rend l’exploitation agricole moins fertile.

Le changement climatique risque d’augmenter la variabilité naturelle du cycle de l’eau dans la région du Nil. Il fait peser un poids d’autant plus lourd que les installations humaines ont déjà bouleversé l’équilibre de la région. Avec l’augmentation des températures, il est possible, mais pas certain, que l’évaporation s’accroisse dans la deuxième partie du XX^e siècle. Ce phénomène devrait être particulièrement important à la surface des grands lacs de retenue des barrages.

Ainsi, le bassin du Nil pourrait peu à peu perdre sa fertilité pour devenir une terre très sèche et abîmée par l’irrigation artificielle. Cela créerait des difficultés agricoles, économiques, mais aussi géopolitiques. Le Nil traverse en effet une dizaine de pays, pour qui la maîtrise de son eau est un enjeu crucial de développement, avec un pouvoir de pression plus important des pays en amont du fleuve.